Projekt

Das Deutsche Epigenom Programm DEEP (2012 – 2017) stellt die deutsche Beteiligung am International Human Epigenome Consortium (IHEC; http://www.ihec-epigenomes.org) dar. IHEC ist ein weltweiter Zusammenschluss von Forschungsförderern und Wissenschaftlern mit dem Ziel einer umfassenden, standardisierten Kartierung der Epigenome ausgewählter menschlicher Zellen.

Während der kommenden fünf Jahre wird DEEP 70 Epigenome zu der von IHEC bis zum Jahr 2020 angestrebten Anzahl von 1000 kartierten Epigenomen beisteuern. DEEP wird dabei den IHEC Standards folgen und ausschließlich state of the art Hochdurchsatzmethoden (Bisulfit-Sequenzierung, ChIP-Sequenzierung, DNaseI-Sequenzierung und RNA-Sequenzierung) zur Datengewinnung verwenden. DEEP konzentriert sich auf Zellen, welche für chronische Stoffwechsel- und entzündliche Erkrankungen relevant sind, wie Hepatozyten, Adipozyten, synoviale Fibroblasten, Gedächtnis und Effektor T-Zellen, Makrophagen, Monozyten sowie Darmschleimhautzellen.

Zentrale Ziele von DEEP sind die Erstellung öffentlich zugänglicher, vergleichbarer Referenz-Epigenome normaler und erkrankter Stadien sowie die Entwicklung neuartiger, interdisziplinärer Ansätze und Tools zur systematischen Interpretation epigenomischer Daten. Gesamtziel des Programms ist ein besseres Verständnis epigenetischer Einflüsse auf komplexe Krankheiten. Dazu vereint DEEP ein koordiniertes Netzwerk transdisziplinärer Partnerschaften zwischen Daten produzierenden Gruppen (NGS Sequenzier-Arbeitsgruppen), Daten analysierenden Gruppen (bioinformatische Arbeitsgruppen) und Gruppen, welche funktionelle Krankheitsmodelle erstellen (biomedizinische Gruppen).